Bu taşlar, vücudun kanda sistin adı verilen bir kimyasal maddeyi temizleyemediği kalıtsal bir durumdan oluşur. Genellikle, diğer aile üyeleri de aynı problemleri yaşamaktadır.
Böbrek taşı türünün bilinmesi taşların oluşumunu önlemek için tedavinin devamlılığı açısından önemlidir.
Ek faktörler çocuklarda böbrek taşı oluşumunda rol oynayabilir. İdrar yolundaki bozukluklar, böbrek taşı oluşturan kimyasal maddelerin birikmesine izin vererek idrar akışını engelleyebilir. Böbrek taşlarından rahatsız çocukların yaklaşık üçte birinde idrar yollarında anormallik görülebilir.
Yetişkinlerde olduğu gibi, diyet de böbrek taşı oluşumunda önemli bir rol oynar. Çocuklar kötü beslenme alışkanlıklarına sahip olduğunda, çok az su içmek gibi veya çok fazla kafein alınması böbrek taşı riskini artırır. Böbrek taşı olan bir kişinin çocuklarında böbrek taşı görülme olasılığı daha yüksektir.